Низкая цена
Всего 249a за скачивание одной диссертации
Скидки
75 диссертаций за 4900a по акции. Подробнее
О проекте

Электронная библиотека диссертаций — нашли диссертацию, посмотрели оглавление или любые страницы за 3 рубля за страницу, пополнили баланс и скачали диссертацию.

Я впервые на сайте

Отзывы о нас

Структуры комплексов бактериальных формиатдегидрогеназ с коферментом и субстратом : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.00.03

Год: 2006

Номер работы: 71703

Автор:

Стоимость работы: 249 e

Без учета скидки. Вы получаете файл формата pdf

Оглавление и несколько страниц
Бесплатно

Вы получаете первые страницы диссертации в формате txt

Читать онлайн
постранично
Платно

Просмотр 1 страницы = 3 руб



Оглавление диссертации:

1.1.1 Структура D-снецнфнчньгх дегидрогеназ. ЫАО(Р)"-зависимые D-сиецифичные дегидрогепазы 2-гидроксикислот [1] катализируют восстаиовление 2-оксикислот до 2-гидроксикислот, используя иикотииамидадеииидииуклеотид никотииамидадепиидипуклеотидфосфат (NAD7NADH) (NADP7NADPH) в или качестве кофермента (1). В таблице I представлены фермеиты суперсемейства Dспецифичиых дегидрогеназ 2-гидроксикислот, субстраты и катализируемые ими реакции. Сравнение первичных носледовательностей ферментов су

1.1.2. Связывание кофермеита (NAD ) и субстратов с D- специфичными дегидрогеиазами. В процессе ферментативной реакции, катализируемой D-cпeцифичнFD^ми дегидрогеназами, происходит окисление 2-гидроксикислот до 2-оксикислот во время которого протои покидает гидроксильиую группу субстрата, а гидридион покидает С2 атом субстрата и атакует электрофильный C4N атом положительно заряженной никотииамидной части молекулы NAD' [29, 30]. Присоедипеиие гидрид-иоиа к атому C4N никотинамидного к

Структура NAD-зависимой формиатдегидрогеиазы т I I метилотрофиых бактерий Pseudomonas sp.lOl.

1. Общая характеристика бактериальиых NAD^-зaвиcиlvIЫX формиагдегидрогеиаз. т NAD "-зависимая формиатдегидрогеназа (FDH) катализирует обратимое окисление формиата до углекислого газа с сопряжеиным восстановлением I NAD"^ до NADH (2). В метилотрофиых бактериях реакция, катализируемая FDH, является одним из основных источников энергии [46]. I I I I I I I • • HCOO" + NAD"" <^ CO, + N ADH (2) Молекула FDH состоит из двух идеитичиых субъединиц, имеюш,их

1. Пространственные Сравненне структуры со ано- и холо-формы формиатдегидрогеназы. дегндрогеназ. структурамн D-снецнфичных Известны три простраиствениые структуры NAD^-зависимой формиатдегидрогеиазы из бактерий Pseudomonas sp.IOI (FDHP). Это структуры: апо-формы (иативный белок) (код PDB: 2NAC) с простраиствеиной группой Р2|, параметрами элемеитариой ячейки а=110,5А, Ь=54,7А, с=70,ЗА, |3 = 101,91^^ и разрешеиием 1,8А [17], холо-формы (код PDB: 2NAD) (тройиой комплекс фepмeпт-N

1. Структура активного центра формнатдегидрогеназы. Активный центр FDHP находится в междоменной полости на расстоянии ~15А от поверхности белг<овой глобулы. Положение молекулы NAD" в структуре холо-формы FDHP показано на рисунке 8. Молекула NAD" имеет открытую конформацию, как и в структурах комплексов с NAD' других D- I специфичных дегидрогеназ [6, 7, 12, 14]. Гидрофобные контакты и водородные связи, которые образует молекула NAD" с белком, приведены в таблице 3. Щ щ

1. Модель связывания формиат-иона в активном центре фермента Модель связывания формиат-иона в активном пентре FDHP была предложена в работе [17] на основе полученной структуры тройного комплекса FDHP с NAD^ и азид-ионом (ингибитор). Положение азид-иона в комплексе холо-формы FDHP было принято за место связывания формиата. Расстояние между атомом водорода формиата и атомом C4N, для эффективного переноса протона, равно 1 1,5А, С-Н связь формиата лежит в плоскости нерпендикулярной пиридиновому

2.1 Получение кристаллов комилексов формиатдегидрогеиазы из бактерий Pseudomonas sp.lOl и Moraxella sp.C2. FDH из метилотрофных бактерий Pseudomonas sp.IOI (FDHP) и Moraxella sp.C2 (FDHM) выделяли и чистили, используя двухфазные системы на основе системы вода - полиэтиленгликоль (ПЭГ) - соль [74] в группе генетической инженерии и белкового дизайна под руководством профессора Тишкова В.И. Московского Государственного Университета им. М.В. Ломоносова. Были получены кристаллы комплексов FDHP с